Ամուլսարի ոսկեբեր քվարցիտային հանքավայրը գտնվում է կենսաբազմազանության առումով կարևոր վայրերից մեկում, ներառյալ «Կարևորագույն թռչնաբանական տարածքը» (IBA), «Էմերալդ տարածքը» (Emerald Site) և «Կարևորագույն կենսաբազմազանության տարածքը» (KBA):Այն ապրելավայր է ավելի քան 25 տեսակ կենդանիների և առնվազն երկու տեսակ բույսերի համար, որոնք գրանցված են Հայաստանի Կարմիր գրքում:Հանքի շահագործումը, այլ սպառնալիքների հետ միասին, ոչնչացնելու է վտանգված տեսակների ապրելավայրը, ինչպես նաև ֆիզիկապես վնասելու է դրանց մեծ մասին:
«Շրջակա միջավայրի վրա ազդեցության գնահատման» (ՇՄԱԳ) փաստաթղթով առաջարկված՝ տեսակների պահպանմանն ուղղված միջոցառումները բավարար չեն, իսկ կենսաբազմազանության վերաբնակեցման ծրագրում առաջարկված միջոցառումները թերի են և վերանայման կարիք ունեն: Այս փաստերը ներկայացված են նաև «ԷԼԱՐԴ»-ի վերջին հետազոտություններում։
Ամուլսարի հանքավայրի կենսաբազմազանության վերաբերյալ ուսումնասիրությունն ամբողջությամբ չի իրականացվել։ Չեն իրականացվել նաև տարածքում առկա սնկերի վերաբերյալ ուսումնասիրություններ, անհրաժեշտ են լրացուցիչ ուսումնասիրություններ Հայաստանի Կարմիր գրքում գրանցված որոշ տեսակների վերաբերյալ՝ ոզնաթուփ մեխակի (Խոցելի), սիրիական սխտորագորտի (Խոցելի), անդրկովկասյան սահնօձի (Խոցելի), բեզոարյան այծի (Խոցելի) և Ապոլլոն թիթեռի (Խոցելի): Այս տեսակների պահպանման կամ վերաբնակեցման ծրագիր ներկայացված չէ:
Ամուլսարի հանքավայրի կենսաբազմազանության պահպանման ծրագիրը վերաբերում է հիմնականում մեկ բուսատեսակի` մատնունի ծիրանավորին և մեկ կենդանատեսակի` գորշ արջին: Կարմիրգրքյան այլ տեսակների պահպանման վերաբերյալ ծրագիր չի մշակվել կամ ներկայացվել:
Ամուլսարի հանքավայրի կենսաբազմազանության փոխհատուցման ծրագիրը հիմնականում սահմանափակվում է «Ջերմուկ» ազգային պարկի ստեղծմամբ, որը կապ չունի Ամուլսարի հետ և այլ լանդշաֆտ ու էկոհամակարգ է: Այսինքն, պլանավորված ազգային պարկը չի կարողանա ապահովել համապատասխան կենսամիջավայր Ամուլսարում հայտնաբերված վտանգված տեսակների մեծ մասի համար և չի կարող համարվել որպես վերաբնակեցման ծրագիր:
ՇՄԱԳ-ի դրական եզրակացությունը հակասում է ՀՀ օրենսդրությանը, մասնավորապես «Ընդերքի մասին» ՀՀ օրենսգրքի 26-րդ հոդվածին, «Կենդանական աշխարհի մասին» ՀՀ օրենքի 17-րդ և 18-րդ հոդվածներին, «Բուսական աշխարհի մասին» ՀՀ օրենքի 16-րդ և 17-րդ հոդվածներին, քանի որ Ամուլսարի տարածքում հայտնաբերվել են վերոնշյալ թվարկված բազմաթիվ կենդանատեսակներն ու բուսատեսակները՝ գրանցված Հայաստանի բույսերի և կենդանիների կարմիր գրքում:
WWF-ի փորձագետների կողմից 2018 թվականին Ամուլսարում հայտնաբերված Ապոլլոն թիթեռը և ոզնաթուփ մեխակը կարող են համարվել որպես նոր էկոլոգիական գործոն, ինչն էլ պահանջում է հավելյալ ուսումնասիրություն և ներկա ՇՄԱԳ-ի չեղարկում, քանի որ վերջինս չի անդրադառնում այդ տեսակներին: